Hong Cheung 
Se você é como eu e está tentando descobrir qual dos dois usar, então isto é para você.
Tabela de Comparação
| Logseq | Obsidian | |
|---|---|---|
| Estrutura de Pastas | Não. A maioria das suas notas fica em uma única pasta. | Sim. Você pode definir a estrutura de pastas como em um gerenciador de arquivos. |
| Markdown | Sim. Mas o arquivo .md gerado tem mais ruído — muito código exclusivo do Logseq. | Sim. Arquivo .md limpo. |
| Recursos | Os nativos já são suficientes. Mas não há muitos plugins da comunidade. | Os nativos não são suficientes. Você terá que baixar vários plugins para ajustá-lo do seu jeito. |
| Interface | Limpa | Um pouco complexa no início. |
| Sincronização oficial | Sim, paga. | Sim, paga. |
| Sincronização não oficial | Não A menos que você use um serviço de sincronização de arquivos de terceiros, como o Syncthing, ou o coloque dentro da sua pasta sincronizada usando OneDrive, GoogleDrive ou algo do tipo. | Sim. Existe um plugin da comunidade com o qual você pode usar o Dropbox para sincronizar de graça. Mas, para alguns provedores de sincronização, você terá que pagar. |
| Velocidade | Boa quando não há muitos dados. Mas muitos usuários relataram que ele trava e demora para iniciar quando têm um grande volume de dados. | Boa, sempre. |
| Aplicativo móvel | Sim. Mas os plugins não funcionam no aplicativo. E o aplicativo é bem básico. | Sim. O aplicativo é estável e faz praticamente tudo o que você faz no desktop. |
| Bom para quê? | Diários, notas curtas, ideias. | Notas longas. |
Minha Experiência
Obsidian
O Obsidian é mais versátil; você pode quase fazê-lo funcionar como o Logseq. Mas ele não é, de forma alguma, um programa leve, nem tenta ser.
O aplicativo móvel é ótimo, sem reclamações.
E eu uso o Syncthing para sincronizar entre dispositivos.
Logseq
O Logseq, por outro lado, tem uma opinião bem definida. Pessoalmente, eu gosto do Logseq, mas não gosto da direção que eles estão tomando. Eu realmente adoraria continuar usando, mas simplesmente não consigo.
No momento, a equipe de desenvolvimento está construindo uma versão DB do Logseq e focando nisso em vez do Markdown. Eles disseram que funcionará nos dois sentidos, então tecnicamente você ainda pode usar .md ou DB.
No entanto, dá para ver que eles preferem a nova versão, já que essas mudanças visam resolver o problema de lentidão que todos enfrentam quando têm um grande volume de dados. Mas, por outro lado, você não é exatamente dono dos seus dados. Você terá que usar o serviço de sincronização deles (pago) se usar a versão DB.
Ainda assim, preciso mencionar que as funções de busca e a integração nativa do Logseq são muito boas e práticas. Bem mais diretas do que no Obsidian.
Veredito Final
Eu escolhi o Obsidian pela posse pura dos arquivos .md e pela estrutura de pastas. Esse sistema foi feito para durar mesmo que o Obsidian deixe de existir. Embora eu goste do Logseq pelo seu design simples, elegante e com opinião bem definida, a direção que ele está tomando não é para mim.
Plugins do Obsidian que eu gosto
- Daily note calendar — para diários
- Omnisearch — para busca em texto completo
